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在高能入射电子作用下，试样表面激发产生各种物理信号，用来调制荧光屏亮度的信号不同，则分辨率就不同。
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试样表面微区形貌差别实际上就是各微区表面相对于入射电子束的倾角不同，因此电子束在试样上扫描时任何两点的形貌差别，表现为信号强度的差别，从而在图像中形成显示形貌的衬度。
由于二次电子信号主要来自样品表层5-10 nm深度范围，强度与原子序数有显著的关联性；且对微区刻面相对于入射电子束的位向十分敏感，且二次电子像分辨率比较高，所以特别适用于显示形貌衬度
扫描电子显微镜的最大优点之一是样品制备方法简单，对金属和陶瓷等块状样品只需切割成大小合适的尺寸，用导电胶将其粘贴在电镜的样品座上即可直接进行观察。
扫描电子显微镜的点分析方法是将电子探针固定在试样感兴趣的点上，进行定性或定量分析，可法用于显微结构的成份分析。
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