甲乙双方是两个独立的施工法人公司，因乙方无进京（指北京）投标资质，在进行一个工程投标前，双方达成合作协议，协议约定，乙方协助甲方投标，一旦中标，甲方需将一定比例的工程交由乙方施工（按区域划分，含主体结构），但甲方不收任何费用。请问：（1）甲方将部分工程交由乙方施工，是否属于主体工程分包，双方签订的合作协议是否有效？（2）若乙方是甲方公司的参股单位，此行为是否合法？（3）施工期间，乙方已取得在京投标