被告万利水泵厂系个人独资企业，在2012年至2014年间多次向原告购买配件。2012年6月，双方结欠货款57 259元，在支付2万元后，被告投资人李明亮以水泵厂名义和原告于2012年8月达成还款计划，约定余款于2014年5月前还清。2012年11月8日，李明亮（甲方）与王一（乙方）达成转让协议，甲方决定将万利水泵厂转让给乙方，协议约定：1.至转让之后所发生的债权债务由乙方承担。2.乙方自签字之日方能有自由经营权。3.本协议自签字之日起生效。协议签定的当日，万利水泵厂即在工商部门办理了企业投资人变更登记。后原告依还款计划要求被告万利水泵厂偿还到期债务，但被告以投资人变更为由拒绝偿还。原告诉至法院，要求万利水泵厂承担到期债务的清偿责任，在审理期间，又依原告申请追加李某为被告。被告万利水泵厂辩称，万利水泵厂为个人独资企业，原厂负责人是李明亮，2012年11月6日变更为王一，并办理了工商变更登记，依据协议的约定，转让前的债务应由李明亮承担，请求驳回原告对万利水泵厂的诉讼请求。被告李明亮辩称万利水泵厂负责人的变更不能影响债务的承担方式，故应由企业承担清偿责任。【问题】请问本案如何处理？