广西某出口公司从广西一家水泥厂购得5500吨水泥，卖给缅甸的一家公司，价格条件为CIF仰光。签约后，出口公司委托自己的货运代理与船公司签订了一份航次租船合同。船舶按时到达装货港，但信用证未按时开到，致使卖方不能按时装船，船舶在港滞留40多天。出口公司支付滞期费和运费合计243000美元。不久，信用证开到，出口公司审证无误，在三天内便装船完毕。但货物装船后，货运代理公司和船公司在提单签发问题上发生了争议。按照租船合同规定，装船后，5个银行工作日内，租船人将运费电汇到船公司的账户，同时在提单上注明“运费预付”字样。装船完毕后，出口方的货代根据来证要求，请船公司签发“运费预付”的提单，船公司在租船方付清运费后才同意签发这种提单。你认为应当如何处理这一争议？为什么？