某大型工程项目地质情况复杂，由于工程项目建设任务十分紧迫，要求尽快开工并按时竣工，基础处理工程量难以准确确定。因此，业主根据监理单位的建议，与承包方签订了施工固定单价合同，对于工程变更、工程计量、合同价款的调整及工程款的支付等都做了规定。
在施工过程中，若承包商根据监理工程师的指示就部分工程进行了变更施工，试问变更部分合同价款应根据什么原则进行确定？变更价款的确定应当按什么样的程序进行？