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在循环水养殖系统中，臭氧有三个方面的作用：①杀菌消毒：臭氧能够快速渗透到细胞内部而使细菌迅速致死。臭氧不但可以杀灭各种细菌，而且对紫外线不能杀灭的寄生虫、寄生虫卵、真菌及真菌孢子体等具有很强的杀伤力；②分解氨氮：一个臭氧与一个氨氮结合生成二氧化氮和水；③除色、去味：通常情况下，系统运行一段时间以后，养殖水会变黄和略带腥臭味，添加臭氧以后，通过臭氧的强氧化作用，很快使水质变得清澈和清新。
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臭氧的添加位置大致可分为两种，一种是加在生物净化池之前的气浮池，一种是加在生物净化池之后的脱气池，加在生物净化池之后的效果要优于加在生物净化池之前，这是因为进入生物净化池之前的养殖水中氨氮含量高，大量的臭氧会作用于分解氨氮，削弱了其杀菌消毒、除色、去味的功能，另外，多余的臭氧进入生物净化池会影响生物膜的生长，臭氧加在生物净化池之后，既可以充分发挥臭氧的杀菌消毒作用，多余的臭氧在通过紫外消毒池时会被紫外线照射分解掉，不会对鱼造成影响。
臭氧的添加量目前有两种依据，一是按杀菌浓度计，商业运行系统杀菌浓度一般控制在1mg/L以下，如半滑舌鳎系统控制的杀菌浓度为0.4 mg/L；另一种是根据饲料投喂量计，一般为每投喂1 kg饲料，臭氧的添加量为13～24g。残余臭氧则以氧化还原电位（ORP）值进行衡量，一般控制在300mV（国外海水系统一般在200 mV）。
紫外线波长为260纳米时灭菌效果最好。
紫外线设置在生物滤池前面和后置的主要差别是： 紫外线后置，是将水处理系统中从生物滤池出来的水，无论是有益菌还是有害菌进行无差别的灭杀后再进入养殖池， 这其中包括了对氨氮、亚硝酸盐氮的去除起着主要作用的优势菌（氨化细菌、亚硝化细菌和硝化细菌以及一些异养菌等）一定程度上保障了进入鱼池水的无菌状态； 紫外线前置，其目的是将生物滤池中的部分硝化细菌随水流带入到鱼池中，继续在鱼池中进行硝化作用，改善养殖水环境。
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