背景 某机电安装施工单位承建某城市的一项大型图书馆机电安装工程。合同造价2400万元，其中主材料费和设备费占65％，工期为8个月。 合同约定： （1）工程用主材料和设备由甲方供货，其价款在当月发生的工程款中抵扣。 （2）甲方向乙方支付预付款为合同价的20％，并按起扣点发生月开始按比例在月结算工程款中抵扣。 （3）工程进度款按月结算。 （4）工程竣工验收交付使用后的保修金为合同价的3％，竣工结算月一次扣留。 该工程按合同规定项目全部完成，竣工验收合格后，进行竣工结算时还应考虑哪些费用应抵扣或扣留？