选案科进行案源受理登记后，拟定处理意见，要求对该企业2009年度纳税情况进行检查，并根据要求填制了《税务稽查任务通知书》及其附件，连同案件有关资料一并送交检查科实施检查。
检查科确定由王飞、李翔、张娟三名检查人员组成检查组，由王飞任检查组长。检查组调阅了被查对象的纳税档案等资料，确定了相应的检查方案。
7月3日，检查组开始实施税务检查。检查人员向被查对象出示了税务检查证和《税务稽查通知书》，并取得了相应的《税务文书送达回证》和《＜税务检查证＞出示证明》。检查人员向被查对象下达了由市地税局稽查局长签发的《调取账簿资料通知书》，调取该企业2009 年度账簿、凭证、报表和其他有关资料，开具了《调取账簿资料清单》一份，详细列明了调取的资料种类、数量和所属期间等，并由双方经办人员签字，交被查对象保存。
检查过程中，检查人员根据情况，决定实施询问调查。询问前，检查人员向被询问人发出了《询问通知书》，并取得了相应的《税务文书送达回证》。询问调查由王飞、李翔负责实施， 询问前向被询问人出示了税务检查证，由王飞负责提问，李翔记录。询问结束后，李正将《询问(调查)笔录》交被询问人阅读并当场核对， 被询问人认为笔录无误，在笔录最后一页签名并押印，李翔也在笔录上签署了日期并在询问人和记录人处签名。
检查过程中，检查组需要查询被查对象在银行的存款情况，派张娟持市地税局局长签发的《税务机关检查纳税人、扣缴义务人及案件涉嫌人员存款账户、储蓄存款许可证明》，到该企业开户银行进行查询，张娟向银行人员出示了税务检查证，取得了需要的资料。经查：该公司2009年部分运输业务未开具发票，未做收入，货款汇到该企业法定代表人的个人卡号上， 计算少缴营业税50000元(该公司2009年申报营业税300000元，企业所得税70000元，其他地方各税30000元)。
检查过程中，检查人员复印了该企业部分账簿资料，并由该企业财务人员在复印件上写明了“此件与原件相符，由我单位提供”字样，并加盖单位公章，作为书证。
检查过程中，检查人员发现该企业有逃避纳税义务的行为，并有明显的转移、隐匿其应纳税收入的迹象，为避免国家税款流失，经市地税局局长批准，检查人员持由市地税局长签发的《查封(扣押)证》依法采取了查封、扣押其商品、货物及其他财产的税收保全措施。执行查封、扣押工作由王飞、张娟负责，他们通知该企业的仓库保管人员到场，查封了该企业的部分库存汽车配件、润滑油等，根据查封物品填制了《查封商品、货物、及其他财产清单》，并加贴封条。对这部分查封物品，稽查人员指令该企业负责保管。
检查过程中，检查人员发现该案件已经达到立案标准，按规定填制了《立案审批表》，报稽查局长批准后予以补充立案。检查人员将检查中发现的问题按规定和要求制作了《税务稽查工作底稿》，交由被查对象财务负责人逐项核对，签署“情况属实”，并签字盖章。
7月15日，检查结束，检查人员整理案件资料，制作了《税务稽查报告》，认定该企业在账簿上不列收入，已构成偷税，作出补缴营业税50000元，拟处以偷税数额百分之五十的罚款25000元，并对其未按规定开具发票处以罚款9000元的处理意见，提交审理科审理。
审理科对《税务稽查报告》及案件证据资料进行了审查，于8月2日审理完毕，提出了同意《税务稽查报告》的意见。8月3日，审理科制作了《税务行政处罚事项告知书》，送达纳税人，并取得了相应的《税务文书送达回证》，该企业于8月4日向稽查局书面提出听证申请。稽查局决定在8月22日举行听证会，局长书面授权检查组长王飞主持听证会，于8月20日向该企业送达了《税务行政处罚听证通知书》，通知企业于8月22日到市稽查局会议室举行听证。经过听证，双方对偷税认定的事实和证据的合法性、真实性无异议， 但对未开发票处以罚款提出异议，稽查局未予采纳。
8月23日，审理科制作了《税务处理决定书》和《税务行政处罚决定书》并报稽查局长批准，分别要求纳税人10日内缴纳税款和罚款。
8月24日，审理科将《税务处理决定书》和《税务行政处罚决定书》交执行科签收执行。同日，执行科将《税务处理决定书》和《税务行政处罚决定书》送达被查对象处，该企业拒绝接收，并拒绝签署《税务文书送达回证》。稽查局执行人员在《税务文书送达回证》上写明了拒收理由和日期，并在送达人处签名，将税务文书留在了该企业财务科办公室，视为送达。
9月3日，《税务处理决定书》和《税务行政处罚决定书》规定的税款、罚款缴款限期期满，纳税人未缴纳税款、罚款，未申请复议，也未向人民法院起诉，执行科报请市地税局长批准后，将查封的物品交依法成立的拍卖机构拍卖。
9 月10日，拍卖结束，稽查局以拍卖所得抵缴了税款、罚款及查封、拍卖等费用。
9月15日，稽查局将剩余部分退还给了被查对象。
9 月16日，该单位对是稽查局作出的行政处罚决定不服，书面向市国税局提出行政复议申请。
9月25日，市局决定受理了该行政复议申请，并于10月5日将申请书副本发送给市稽查局，
10月20日，市稽查局提出书面答复，并提交当初作出具体行政行为的证据、依据和其他有关材料。
12月22日，市局作出了维持市稽查局的处罚决定的行政复议决定。
要求：根据给定的案情，指出税务机关执法中存在的问题，并说明正确做法。