某省烟草专卖局2009年1月在对A卷烟厂的重点检查中发现如下情况： （1）2008年12月A卷烟厂生产计划为20万箱，生产车间上报信息系统数据为20万箱，使用码段量20.04万箱，入库20万箱，而根据各机台台帐统计出的生产量和效益工资计算推算出的产量为22.2万箱，全年A卷烟厂生产计划200万箱，总的实际生产数量202.2万箱；经过对成品库的实地盘查，发现有500箱未打码的卷烟成品，原因不明。 （2）2008年10月A卷烟厂计划购进卷烟纸100吨，实际到货入库98吨，接受的准运证开具数量为100吨，上网确认100吨。 （3）2008年A卷烟厂与B滤嘴棒厂签订丝束加工合同100吨，实际加工105吨。 （4）A卷烟厂向该厂所在地政府部门接待办供货100件卷烟。 （5）跨省运输促销用卷烟200件，没有办理准运证。 （6）自行报废处理废弃烟叶100吨。 对上述发现的问题应当如何处理？