甲公司投资建设一幢地下一层，地上五层的框架结构商场工程，乙方施工企业中标后，双方采用《建设工程施工合同》（示范文本）GF－1999－0201）签订了合同。合同采用固定总价承包方式。合同工期为405天，并约定提前或逾期竣工的奖罚标准为每天5万元。 合同履行中出现了以下事件： 事件一：乙方施工至首层框架柱钢筋绑扎时，甲方书面通知将首层及以上各层由原设计层高4.30米变更为4.80米，当日乙方停工，25天后甲方才提供正式变更图纸，工程恢复施工，复工当日乙方立即提出停工损失150万元和顺延工期25天的书面报告及相关索赔资料，但甲方收到后始终未予答复。 事件二：在工程装修阶段，乙方收到了经甲方确认的设计变更文件，调整了部分装修材料的品种和档次。乙方在施工完毕三个月后的结算中申请了该项设计变更增加费80万元。但遭到甲方的拒绝。 事件三：从甲方下达开工令起至竣工验收合格止，本工程历时425天。甲方以乙方逾期竣工为由从应付款中扣减了违约金100万元，乙方认为逾期竣工的责任在于甲方。 事件三中，乙方是否逾期竣工？说明理由并计算奖罚金额。