2010年1月,甲省烟草专卖局对所辖A市烟草公司2009年度“两烟”生产经营开展重点检查,收集到以下信息: 1、检查组实地走访B县王庄,发现有3户零售户的烟草专卖零售许可证于2008年12月31日到期未延续,A市烟草公司仍在正常供货。 2、A市烟草公司2009年共销售“中华(全包)”卷烟120万支,其下属的六家自营零售店销售“中华(全包)”卷烟78万支。 3、A市烟草专卖局于2009年9月查获一起无证运输卷烟案件,查扣卷烟8万支,案值2.7万元。A市烟草专卖局按规定委托A市烟草公司对该批卷烟予以收购。A市烟草公司未将其纳入卷烟销售系统入网销售,将该批卷烟销售给个别卷烟零售户。 4、A市烟草公司为了加强烟叶收购工作,2009年7月设立了B县王庄烟叶收购站和C县张村烟叶收购站,12月向甲省烟草专卖局报告审批。 5、甲省烟草专卖局2009年下达A市烟叶种植收购计划21.2万担,A市烟草公司将计划分解到三个产烟叶县,其中B县8.5万担、C县6.7万担、D县6.3万担,各县按照分解计划与烟农签定了种植收购合同。 在此案例中,A市烟草公司“两烟”生产经营中存在哪些问题,应如何定性?