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扫描电子显微镜真空系统的作用是为保证电子光学系统正常工作，防止样品污染提供高的真空度。
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扫描电镜就是采用逐点成像的方法，把样品表面不同的特征，按顺序、成比例地转换为视频传号，完成一帧图像，从而在荧光屏上观察到样品表面的各种特征图像。
在高能入射电子作用下，试样表面激发产生各种物理信号，用来调制荧光屏亮度的信号不同，则分辨率就不同。
试样表面微区形貌差别实际上就是各微区表面相对于入射电子束的倾角不同，因此电子束在试样上扫描时任何两点的形貌差别，表现为信号强度的差别，从而在图像中形成显示形貌的衬度。
由于二次电子信号主要来自样品表层5-10 nm深度范围，强度与原子序数有显著的关联性；且对微区刻面相对于入射电子束的位向十分敏感，且二次电子像分辨率比较高，所以特别适用于显示形貌衬度
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