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文昌鱼在分类上属头索动物亚门，属有头类。

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文昌鱼属于狭心动物，为闭管式循环，具有有搏动能力的腹大动脉，血流的动力来自心脏和腹大动脉。

偏文昌鱼的特点是只在身体的左侧有生殖腺，我国的汕头、海南岛等地有发现。

文昌鱼的奇鳍，包括背鳍、臀鳍和尾鳍，偶鳍只有腹鳍，而无胸鳍。

文昌鱼的肝盲囊与脊椎动物的肝脏属同源器官。