货运公司与李某达成协议，由货运公司为李某运送水果1000箱，运费2000元。先交付500元定金，余额在到达目的地交付。在规定期限内，货运公司将水果运抵目的地，但李某因资金周转困难，无法支付运费。货运公司留置200箱水果。5天后，李某交付运费1500元，发现大部分水果已经腐烂。李某要求货运公司赔偿损失，而货运公司以李某违约在先为由加以拒绝。李某起诉到法院。请问如何处理本案？