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如果两独立的RNA有适当的序列并以适当的方式配对，则锤头酶可以由这两种RNA组成。上链(称为底物链)需要有5'-GUN-3'序列(这里N是任意一种核苷酸)。下链(或称为酶链)需要有核酶催化中心序列，并且要求与底物链配对。然后，酶链将切掉底物链3'-末端的N残基。细胞RNA若不是正常被锤头酶催化切除的，将会被一种合适的酶链降解掉。这提供了一种可能，即用酶链作为治疗试剂去阻止不需要基因(如，一些研究小组设计酶链能切除HIV RNA)的表达。你怎样设计锤头酶的酶链去切HIVRNA？你怎样选择HIV RNA中特异的序列？所设计的酶链应具有怎样的性质？而不应具有怎样的性质？如果你用RNA作为药物，你会遇到哪些挑战？

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大多数真核mRNA的3'-末端是在切割前体RNA后接着加上一段长200～300个核苷酸的polyA而成的。紧接聚腺苷酸5'-末端上游的AAUAAA序列是多聚腺苷化的主要信号。其重要性已用很多方法验证过。一个简便的方法是利用化学修饰来干扰蛋白与RNA的相互作用。含信号序列的RNA用二乙基焦碳酸盐处理，可使A和G产生乙基碳酸衍生物。这一处理赋予修饰位点在适当情况下对苯胺高度的敏感性，并断裂。如果起始的RNA分子被一端标记，处理后基本上一个分子有一个修饰位点，接着用苯胺去断裂会生成一系列对应于RNA上各个不同A和G位点的片段(如图8-3-29)。(这个方法与DNA化学测序法非常相似)。
为了确定关键的A和G残基，将修饰过的RNA(依旧完整)和能够进行切割及加polyA的细胞抽提液保温。RNA分子接着被分离成polyA⁺RNA和polyA^-RNA。用苯胺处理，琼脂糖电泳后分析片段(第2、3条)，第二次反应时在抽提物中加入EDTA，防止有polyA尾巴(对切割没影响)，分离切割的分子，苯胺处理后电泳鉴定(第4条)。

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