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工厂化循环水养殖对消毒剂和抗生素的使用要慎重，如需药浴，养殖池水必须与系统切断隔开，否则药物会对生物膜产生极大破坏，甚至会导致生物过滤系统崩溃，很难在短时间内(20-30d)恢复正常，需要对系统进行彻底清洗并重新培养净水微生物和生物包挂膜。
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鱼类代谢及生物净化过程中会产生大量的CO2，CO2在水中大量富集容易导致养殖水pH值下降，养殖水pH值低于7.5不但会影响鱼类的摄食与生长，而且会抑制生物膜的生物净化作用。二氧化碳去除（脱气）是保证养殖水体pH值稳定的关键工艺。
除碳器的工作原理是当鼓入除碳器的空气流和除碳水相接触时，水中CO2便会被空气流带出。
在循环水养殖系统中，臭氧有三个方面的作用：①杀菌消毒：臭氧能够快速渗透到细胞内部而使细菌迅速致死。臭氧不但可以杀灭各种细菌，而且对紫外线不能杀灭的寄生虫、寄生虫卵、真菌及真菌孢子体等具有很强的杀伤力；②分解氨氮：一个臭氧与一个氨氮结合生成二氧化氮和水；③除色、去味：通常情况下，系统运行一段时间以后，养殖水会变黄和略带腥臭味，添加臭氧以后，通过臭氧的强氧化作用，很快使水质变得清澈和清新。
臭氧的添加位置大致可分为两种，一种是加在生物净化池之前的气浮池，一种是加在生物净化池之后的脱气池，加在生物净化池之后的效果要优于加在生物净化池之前，这是因为进入生物净化池之前的养殖水中氨氮含量高，大量的臭氧会作用于分解氨氮，削弱了其杀菌消毒、除色、去味的功能，另外，多余的臭氧进入生物净化池会影响生物膜的生长，臭氧加在生物净化池之后，既可以充分发挥臭氧的杀菌消毒作用，多余的臭氧在通过紫外消毒池时会被紫外线照射分解掉，不会对鱼造成影响。
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