中方S公司于1989年8月与某国E公司签订了一项冷冻北京鸭的出口合同。合同规定，S公司向E公司出口带头、翼瞨、无毛的一级冷冻填鸭10公吨，冷冻鸭须按照伊斯兰教的方法屠宰，并由中国伊斯兰教协会出具有关证明。S公司认为，如按伊斯兰教的方法宰杀会影响冻鸭的外观，遂采用最科学的屠杀方式，即自鸭子口中进刀，将血管割断放血后加工速冻。然后，请中国伊斯兰教协会出具了“此批冷冻北京填鸭确系采用伊斯兰教方法屠宰”的证明文件。货物运至E公司所在地后，经当地卫生部门检验，发现这批冻鸭是采用“钳宰杀法”屠杀，不符合合同规定的“按伊斯兰教方法屠杀”的条款，E公司拒绝收货和付款，并通知S公司，要么将冻鸭就地销毁，要么将冻鸭退回。本案应如何处理？为什么？