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当生物膜成熟后，微生物继续增殖，使生物膜不断增厚，特别是废水中有机物较多时，氧将很快被表层生物膜所消耗，靠近滤料的一层生物膜因得不到充足的氧气而使厌氧微生物生长起来并产生有机酸、甲烷及硫化氢等厌氧分解产物，致使滤料带有臭味，将大大影响出水水质。当生物膜过厚时，由于代谢产物过多，好氧生物膜和厌氧生物膜之间就失去平衡，致使好氧生物膜的生态系统遭到破坏，生物膜则呈现老化脱落，有机物降解效果就差，所以生物膜不宜太厚或太薄，一般以0.5～1.5mm为佳。
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在废水处理过程中，生物膜经历着不断生长，不断剥落更新的演变过程。
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工厂化循环水养殖对消毒剂和抗生素的使用要慎重，如需药浴，养殖池水必须与系统切断隔开，否则药物会对生物膜产生极大破坏，甚至会导致生物过滤系统崩溃，很难在短时间内(20-30d)恢复正常，需要对系统进行彻底清洗并重新培养净水微生物和生物包挂膜。
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