某市一工厂位于市区内，因生产不景气，经总公司批准，同意改建一座高层宾馆，占地面积3.2hm2。总公司在批准时指出：市委、市规划行政主管部门根据规划，经研究并口头同意该厂用地使用性质可以调整。随后该厂便与合作方签订协议，由合作方出资建成以后各得一半的建筑面积，合作双方的建设方案报经总公司批准后，即着手进行建设。正当开始施工时，城乡规划行政主管部门查处了该工程建设，责令立即停工，听候处理。
试分析：该工程为什么会受到城乡规划行政主管部门的查处？城乡规划主管部门应如何处置？