甲公司（系房地产开发公司）开发一个房地产项目，该项目主要是住宅楼的开发，开发过程中发生下列事项：（1）由于逾期开发，向相关部门缴纳土地闲置费200万元。（2）为进行该项目开发，甲公司向银行借入款项1000万元，至项目完工时发生利息100万元，公司将利息计入开发成本核算。（3）截至2015年6月1日，该房地产开发项目竣工验收合格。2014年12月31日，该项目建筑面积的70%已对外销售，剩余的建筑面积均已经出租，税务机关要求甲公司进行土地增值税清算。（4）项目竣工前，甲公司从应付施工企业工程款中预留部分资金作为工程质量保证金，项目竣工验收合格后，将质量保证金返还给了施工企业，施工企业没有向甲公司开具发票。要求：甲公司的财务人员希望注册会计师王某就上述业务对土地增值税清算的影响提出分析意见。